RAPID

RAPID (Randomize Pharmacophore Identification For Drug Design)

PHARMACOPHORE adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon  biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.

PHARMACOPHORE  berbicara tentang bagaimana menentukan gugus penting dari suatu obat yang terlibat didalam reseptornya atau berikatan dengan reseptornya serta bagaimana menentukan posisi relatife dalam 3D (tiga Dimensi) ikatan antara gugus-gugus dari suatu molekul atau obat dengan sel targetnya, serta dapat mengetahui konformasi aktif dari suatu molekul.

PHARMACOPHORE merupakan posisi geometrik tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung-jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut

Definisi resmi dari IUPAC, 1998 "Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan struktur target biologis yang spesifik  dan untuk memicu (atau menghambat respons biologisnya’ Farmakofor sendiri tidak mewakili molekul ataupun gugus fungsi, tetapi lebih pada konsep abstrak pada kapasitas interaksi molekuler.

Identifikasi farmakofor

·       1.  Menentukan posisi 3D obat dengan target

·        2. Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor

·        3. Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul

·        4. Penting sebagai dasar merancang obat

·        5. Penting dalam hal menemukan obat baru

Setiap struktur molekul obat harus mengandung bagian yang secara bebas dapat menunjang afinitas interaksi obat-reseptor dan mempunyai efisiensi untuk menimbulkan respons biologis sebagai akibat pembentukan kompleks obat reseptor.

Interaksi obat-reseptor terjadi melalui dua tahap, yaitu:

·        1. Interaksi molekul obat dengan reseptor spesifik, Interaksi ini memerlukan afinitas

·        2. Interaksi yang dapat menyebabkan perubahan konformasi makromolekul protein sehingga timbul respons biologis.

Ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.

Contoh : H2O

Ikatan Van Der Waal’s

Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.

Ikatan hidrofob

Ikatan hidrofob merupakan salah satu kekuatan penting pada proses penggabungan daerah non polar molekul obat dengan daerah non polar reseptor biologis. Daerah non polar molekul obat yang tidak larut dalam air dan molekul-molekul air disekelilingnya akan bergabung melalui ikatan hidrogen membentuk struktur quasi-crystalline (icebergs).

PERTANYAAN ⇣⇣⇣

1. Bagaimana cara menentukan farmakofor ?

2. Apa fungsi utama farmakofor ?

3. Mengapa farmakofor merupakan suatu alat dalam penemuan obat ? tolong jelaskan

4. Bagaimana cara menentukan letak farmakofor dalam suatu senyawa?

5. Bagaimana peran dari studi farmakofor?